導演蕭力修前年以《麻醉風暴》拿下迷你劇導演獎，成功打出知名度，吸引海外不少影視公司向他招手邀合作，製作人及幕後團隊趁勝追擊，隔1年開拍續集，並加入電影圈出身的洪伯豪雙掛導演。蕭力修談及拍攝續集過程百感交集，感觸良多，「拍完後，我頭髮從黑變白，牙齒掉了4顆」，主場景在高雄義大癌治療醫院拍攝，期間他意外受傷坐輪椅，醫院護士看到他便好奇詢問「導演，今天來拍戲還是掛急診」？
《麻2》格局更宏大、製作規模更甚於第一季，也是首部赴約旦取景的台劇，當初為何選也有多部好萊塢電影取景的約旦？蕭力修笑稱「因為噱頭」，真正原因是約旦影委會人員曾來台交流，後來續集設定蕭醫師要到戰地當醫師，劇組透過台北影委會牽線協助。導演表示，拍攝過程因場景、劇本等各方面問題，每天都和時間賽跑，幕前幕後人員全咬著牙努力撐過來。
蕭力修坦言，戲裡講醫療人員超時、過勞工作狀態，其實他們工作現場就面臨同樣情況，「準備期短，造成工作時間壓縮，我是導演，這麼養尊處優的職位已經累成這樣，工作人員更辛苦，如何把工作環境和時間規劃得更長久一點，是我拍完這2季的感想，這個戲也反映台灣各行各業窘境」。他透露，《麻2》的第1版劇本太偶像劇走向，上一季部分演員認為和原本想像得不同而拒演，「如何說服他們回來才是關鍵」。
導演洪伯豪表示，最主要克服許多拍攝上的技術問題，包括爆破場面，第1集中有場捷運爆炸橋段，跑了桃機、西門町、三重3處捷運站取景。也誇黃健瑋這次處理角色很放鬆自在，吳和黃為整齣戲幫助很大，但吳、黃的「熱心」又讓他們忍不住虧「兩人都很囉唆，吳慷仁最雜念（台語），但吳慷仁說因為自己喊慢（台語），所以才用說的。」
